Il risultato di maggior prestigio e comunque rappresentato dalla vittoria in campionato della prima squadra (1989/90) con conseguente promozione in seconda categoria.
Il Sanfru ha cercato di darsi una collocazione nel proprio quartiere, viste le poche iniziative intraprese dal Comune, acquistando dei prefabbricati mobili da usufruire come spogliatoi e segreteria, installandoli nel Centro Sociale di S. Fruttuoso, grazie all’ospitalità del responsabile Don Ercole Gerosa, senza la quale il San Fruttuoso calcio non avrebbe potuto continuare la propria attività.
Nel processo continuo della società dall’anno calcistico ’90/’91 al 98/99 sono state allestite altre formazione e centrato diverse vittorie, campionato Allievi, campionato Juniores e promozione in seconda categoria, ma senza strutture, un campo adeguato e promesse non mantenute da parte dei politici locali, il Presidente e fondatore Luigi Rossi lascia il San Fruttuoso Calcio dopo 15 anni di attività.
Il 9 Febbraio 2000 il nuovo Presidente è Daniele Nova .
Nel Luglio 2001 viene assegnato il Campo Comunale della Boscherona, e da questo momento tutti gli sforzi del nuovo gruppo direttivo si sono concentrati sul settore giovanile e sull’ adeguamento della sede di via Montanari.
Il tempo ha dato ragione a chi credeva in questo progetto, e nel 2007 il San Fruttuoso Calcio con 250 ragazzi, 15 squadre, di qui 13 iscritte alla F.I.G.C. , 2 di scuola calcio in collaborazione con il Monza Calcio, e l’apertura del cantiere per la costruzione della nuova sede di Via Montanari è pronto per nuove sfide.